肾结石的治疗方法很多，需由医院根据结石的具体部位和大小进行选择，如药物排石、碎石机碎石、手术等都可达到根治目的。
（一）防治结石的形成和复发
1．去除肾石的发病诱因 积极治疗形成结石的原因，如原发性甲状旁腺机能亢进的摘除甲状旁腺，治疗恶性肿瘤，控制肾盂感染和解除尿路梗阻，均为防止结石形成和复发的有效措施。
2．一般治疗
（1）保证充分饮水：最好饮用含矿物质少的磁化水，使每日尿量超过2000ml，可稀释尿液、减少晶体沉淀、冲洗尿路和排出微小结石。
（2）饮食：饮食成分应根据结石种类和尿液酸碱度而定。对于草酸钙结石，应避免高草酸食物如菠菜、蕃茄、土豆、甜菜、龙须菜、果仁、茶叶、可可、巧克力等。以及含钙高的食物如牛奶、奶酪等。对特发性高钙尿应限制钙摄入，以减少尿钙含量；对非高尿钙的复发性草酸结石，毋需低钙饮食。如因低钙饮食致使尿草酸排泄增加而形成结石者，也不宜采用低钙饮食。控制钠摄入，钠摄入过多可使尿钙排泄增多。高尿酸血症和高尿酸尿时要吃嘌呤饮食，避免进食动物内脏，少食鱼和咖啡等。
3．药物治疗
（1）高钙尿：因原发性甲旁亢、类肉瘤病、甲亢、多发性骨髓瘤等引起者应作相应治疗。其他病因者可采取下列措施。
1）噻嗪类利尿剂：双氢克尿噻每日50～100mg，或相应剂量的其他利尿剂。
2）磷酸钠纤维树脂：每次2．5～5g，进食同时服用。同时应适当限制草酸摄入，而补充钙。
3）正磷酸盐：每日1．5～2．0g磷元素，分3～4次服用。肾小球滤过率低于30ml/min者和尿路感染者不用，因可引起转移性软组织钙化和感染性结石。
（2）肠源性高草酸尿：可用氢氧化镁或氧化镁。消胆胺可纠正肠吸收脂肪不良，但不能持续抑制吸收草酸。
（3）低尿枸橼酸性含钙肾结石：用法为每日3～6g，分三次服用。部分患者可有轻度胃肠道反应，肾功能不全者慎用。
（4）尿酸结石：枸橼酸钾临床首选，剂量为30～60mmol/d。若同时有血尿酸增高，宜加服别嘌呤醇，控制血尿酸浓度后即改为维持量。
（5）胱氨酸尿和胱氨酸结石：在保证充分饮水（常＞3L/d）和碱化尿液（pH＞7．5）治疗无效时，可应用D-青霉胺治疗，每日1～2g，分次服用。α-巯基丙烯甘氨酸的作用机制与D-青霉胺相似，而副作用较小。
（6）感染性结石：长期有效地控制尿路感染，能限制感染性结石的形成，甚至使某些已形成的结石溶解。但由于结石内抗生素浓度较低，细菌不能被完全杀灭，因此单纯抗菌治疗很难使尿路感染完全治愈。
（二）对结石的处理 肾结石的治疗近年来已有很大进展，许多过去需要手术治疗的肾结石，现在可经体外震波碎石或非开放性手术取石，或几种方法联合使用而取得满意疗效。
内科治疗 对直径小于0．5mm的光滑圆形结石，无尿路梗阻或感染，且肾功能良好者，可采用内科治疗。溶石疗法对尿酸结石和胱氨酸结石疗效较好，对含钙结石和感染性结石疗效较差，给药途径有口服、静脉、输尿管插管、开放性肾造瘘插管和经皮肾穿刺造瘘插管等。在治疗期间，应密切观察病情变化，定期作放射性核素肾图及X线检查了解肾功能，决定是否手术。
（三）对症治疗
1．肾绞痛治疗 应用解痉剂阿托品或654-2肌注，可合用异丙嗪以增强疗效，无效时应用杜冷丁或吗啡等。
2．尿路感染的治疗 见"尿路感染"。
3．血尿 明显肉眼血尿时可用羟基苄胺0．1～0．2g或止血环酸0．1g，缓慢静脉注射，每日3次

肾积水的治疗:
1.去除病因，解除梗阻。
2.情况太差或病因复杂可先经皮穿刺肾造娄引流肾脏。
3.严重肾积水或脓肾，对侧肾功能好则行肾切除。
4.不能手术切除者，放双“T”管或支架管。